網站的目錄是指建立網站時創建的目錄。例如：在用Frontpage建立網站時都默認建立了根目錄和Images子目錄。目錄的結構是一個容易忽略的問題，大多數站長都是未經規劃，隨意創建子目錄。目錄結構的好壞，對瀏覽者來說并沒有什么太大的感覺，但是對于站點本身的維護，以后內容的擴充和移植有著重要的影響。所以建立目錄結構時也要仔細安排，比如：
1、不要將所有文件都存放在根目錄下。有網站制作者為了方便，將所有文件都放在根目錄下。這樣就很容易造成：文件管理混亂，搞不清哪些文件需要編輯和更新，哪些無用的文件可以刪除，哪些是相關聯的文件，影響工作效率;上傳速度變慢，服務器一般都會為根目錄建立一個文件索引，如果將所有文件都放在根目錄下，那么即使只上傳更新一個文件，服務器也需要將所有文件再檢索一遍，建立新的索引文件，很明顯，文件量越大，等待的時間也將越長。
2、按欄目內容建立子目錄。子目錄的建立，首先按主欄目建立。友情連接內容較多，需要經常更新的可以建立獨立的子目錄。而一些相關性強，不需要經常更新的欄目，例如：網站簡介、站長情況等可以合并放在一個統一目錄下。所有程序一般都存放在特定目錄，例如：CGI程序放在cgi-bin目錄，所有提供下載的內容也好放在一個目錄下，便于維護管理。
3、在每個主目錄下都建立獨立的Images目錄。一般來說，一個站點根目錄下都有一個默認地Images目錄。將所有圖片都存放在這個目錄里很是不方便，比如在欄目刪除時，圖片的管理相當麻煩。所以為每個主欄目建立一個獨立的Images目錄是方便管理的。原因很簡單，就是方便維護與管理。
其它需要注意的還有：目錄的層次不要太深，不要超過3層;不要使用中文目錄，使用中文目錄可能對網址的正確顯示造成困難;不要使用過長的目錄，太長的目錄名不便于記憶;盡量使用意義明確的目錄，以便于記憶和管理。